javaからファイルに書き込みを行うプログラムを書いてみました。

実行する時はeclipseの実行→実行構成で引数を２つ指定する必要があるので注意です。
下記画像は引数を設定した例をキャプチャしたものです(ご参考までに)

package TestPackage;

import java.io.BufferedReader;
import java.io.BufferedWriter;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.FileWriter;
import java.io.IOException;
import java.io.PrintWriter;

public class WriteFile {

	/**
	 * @param args
	 */
	public static void main(String[] args) {

		String inputData = args[0];
		String filename = args[1];

		try{
			BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(inputData));

			PrintWriter writer = new PrintWriter(new BufferedWriter(new FileWriter(filename)));

			String line;

			// ファイルの中を開いて1行ずつに出力用変数に代入します
			while ((line = reader.readLine()) != null){
				writer.println(line);
			}

			// reader削除します
			reader.close();
			writer.close();

		} catch(FileNotFoundException e){
			System.out.println("filename -> なし");
		} catch(IOException e){
			System.out.println(e);
		}

	}
}